Adapun misi pokok badan ini sesuai pasal 11 Perpres 61 itu adalah; pengembangan sumber daya manusia perkebunan kelapa sawit, penelitian dan pengembangan perkebunan kelapa sawit, promosi perkebunan kelapa sawit, peremajaan sawit rakyat, sarana dan prasarana perkebunan kelapa sawit. 

Ada juga misi kebutuhan pangan, hilirisasi industri Perkebunan Kelapa Sawit, serta penyediaan dan pemanfaatan bahan bakar nabati jenis biodiesel. 
  
Hadirnya BPDPKS ini benar-benar sangat membantu pemerintah. Sebab duit pungutan itu dipakai untuk sederet hal yang mestinya tanggungjawab pememrintah dan musti didanai APBN. Misalnya peningkatan SDM, sarana dan prasarana serta riset-riset.  

Makin ke sini, penggunaan duit pungutan itu untuk membiayai yang semestinya tanggungjawab negara, makin kebablasan. 

Duit yang terkumpul dari hasil pungutan, akhirnya kebanyakan dipakai untuk menomboki selisi harga solar yang dipakai untuk bauran biodiesel. Sementara biodiesel ini adalah kebutuhan publik yang biasanya subsidinya dari kocek APBN. 

Sampai tahun lalu saja, duit untuk menomboki selisi harga dagangan Pertamina itu, sudah lebih dari Rp144 triliun. Sementara duit yang mengalir untuk PSR masih hanya sekitar Rp9,1 triliun, pengembangan SDM dan sarpras tak sampai Rp1 triliun. 

Walau penggunaan duit itu jomplang, nyaris tidak ada pelaku sawit protes, termasuk petani. Padahal, hadirnya pungutan ekspor tadi menurut Apkasindo, telah turut memangkas pendapatan petani sawit. 

Apkasindo mengambil contoh begini; bila pungutan ekspor di angka USD62 per ton, harga TBS petani telah terbebani Rp192 per kilogram, dengan asumsi rendemen 20%. Hitung saja berapa duit petani yang tersedot untuk pungutan itu bila total luas kebun mereka mencapai 6,8 juta hektar.